Neo és az Építész találkozásának jelenete alig néhány percig tart, utána viszont a Mátrix egész történetét másképp kell értelmezni.
A probléma az, hogy az Építész úgy beszél, mintha szándékosan el akarná altatni a nézőt: nehézkes mondatok, matematikai kifejezések, okfejtések az ember tökéletlenségéről. Miközben megpróbáljuk felfogni legalább a felét annak, amit elmond, a film csendben lerombolja az első két rész legfőbb mítoszát.
E találkozás előtt Neo egy ősi prófécia hősének tartotta magát, akinek az a rendeltetése, hogy véget vessen a háborúnak és felszabadítsa az emberiséget. Morpheus hitt benne, az Orákulum elvezette a kulcsfontosságú emberekhez, maga a Mátrix pedig szinte szétmállott a képességei súlya alatt.
Az Építész azonban elmagyarázta, hogy ezt az egész utat már ötször bejárták korábban. A Kiválasztottról kiderült, hogy csupán a rendszer része, ahogy Zion is a rendszer része, az emberiség nagyszerű felszabadítása pedig valójában egy újabb újraindításhoz vezetett.
Miért bizonyult Neo kérdése „helytelennek”

Amikor Neo belép az Építész szobájába, egy egyszerű kérdést tesz fel: „Miért vagyok itt?” Az Építész ezt egyszerre a leginkább helyénvalónak és a leginkább helytelennek nevezi. Ez úgy hangzik, mint egy program újabb gőgös szószaporítása, pedig ebben a mondatban már ott rejtőzik Neo sorsa.
A „miért” kérdés azt feltételezi, hogy a hős saját akaratából jutott el ide, és most meg akarja érteni utazása értelmét. Az Építész számára viszont ebben semmi rejtély nincs. Neo egy matematikai anomália miatt jött létre, útja minden egyes lépését pedig egy előre megírt forgatókönyv irányította: a megismerkedés Morpheusszal, az Orákulum felkutatása, a Kulcskészítő és a Forráshoz vezető ajtó.
Még a gépek elleni lázadás is pontosan oda juttatta a Kiválasztottat, ahol már vártak rá.
Az Építész úgy írja le Neót, mint egy kiegyensúlyozatlan egyenlet maradékát, amelyet nem sikerült kiküszöbölnie. Ez lényeges megfogalmazás. A hős képességei nem az isteni természetét bizonyítják, hiszen az Építész előtt valójában a felhalmozódott rendszerszintű hiba áll emberi alakban.
A képernyők tucatjaival teli szoba ugyanezt a gondolatot nyomatékosítja. Megjelennek rajtuk Neo lehetséges reakciói: düh, fenyegetőzés, tagadás, vitatkozási kísérletek. Kívülről nyugodt marad, a gépek azonban már szinte mindent kiszámítottak abból, ami a belsejében zajlik. A hős egész életében attól félt, hogy valaki irányítja a döntéseit, most pedig szembetalálta magát a rendszer teremtőjével, aki nyitott könyvként képes olvasni benne.
A Mátrix már többször elpusztult

Az Építész következő vallomása összezúzza Neo elképzelését az emberi történelemről. A jelenlegi Mátrix korántsem az első változat, maga Neo pedig az anomália immár hatodik megtestesülése.
Előtte már öt Kiválasztott jutott el a Forráshoz, akik mindegyike nagyjából ugyanezt a magyarázatot hallgatta végig, és meghozta az előírt döntést.
Ziont sem az első szabad emberek alapították. A gépek már ötször elpusztították a várost, majd engedték, hogy a túlélők egy kis csoportja mindent elölről kezdjen.
Morpheus ezért még az idő múlásának megítélésében is tévedett: az ellenállásban senki sem tudja, valójában mióta tart a háború, és hány emberöltő élt ebben az ismétlődő ciklusban.
Kiderül tehát, hogy a virtuális világból való menekülés még korántsem jelentett valódi szabadságot. Az emberek felébredtek a kapszulákban, lementek a föld alá, sereget építettek, és felkészültek a többiek kiszabadítására, az ellenállásuk azonban egy előre kijelölt útvonalon haladt.
A gépek kezdettől fogva tudtak Zionról, és pontosan akkor pusztították el, amikor a rendszer veszélyes határhoz ért.
Itt könnyű lenne arra a következtetésre jutni, hogy a valóság csupán a szimuláció egy újabb szintje. Az összeesküvés megmagyarázásához azonban nincs szükség egy második Mátrixra. Az ellenőrzés az információkon, az emberi viselkedés ismétlődésén és egy gondosan kidolgozott legendán alapult, amely kiszámítható cselekvésre késztette a lázadókat.
Miért volt szükségük a gépeknek a választásra

Az Építész első kísérletei a Mátrix felépítésére kudarcba fulladtak. Egy tökéletes, fájdalom és szenvedés nélküli világot hozott létre, de az emberi elme ezt elutasította. Ezután egy komor, a történelmünk legsötétebb korszakaiból építkező valóságot alkotott meg, az eredmény azonban ismét sikertelen lett.
A megoldást az Orákulum találta meg, akit az Építész a „Mátrix anyjának” nevez. Ő jött rá egy egyszerű összefüggésre: az emberek elfogadják a virtuális világot, ha érzik a választás lehetőségét. Nem szükséges teljesen tudatosítaniuk ezt a lehetőséget, elegendő egy halvány érzés is arról, hogy a saját életük a személyes döntéseiken múlik.
Így a Mátrixot a rákapcsolt emberek csaknem 99 százaléka elfogadta. A maradék egy százalék továbbra is érezte a hamisságot, és előbb-utóbb elutasította a programot. Ezt az ellentmondást az Építész nem tudta kiiktatni, mert vele együtt a választás is megszűnt volna, választás nélkül pedig az egész szimuláció összeomlott.
Ezen emberek számára a gépek egy ellenőrzött kiutat hoztak létre. Hagyták, hogy az ellenállás megtalálja a kételkedőket, lekapcsolja őket a rendszerről, és Zionba szállítsa őket. A város egy hatalmas gyűjtőhelyként szolgált, ahová mintegy száz éven át sereglettek mindazok, akik nem fogadták el a Mátrixot.
Amikor a kiszabadultak száma megnőtt, a rendszerhibák pedig veszélyeztetni kezdték a programot, beindult a ciklus végső szakasza.
A Kiválasztott valódi szerepe

Az egyes emberek elutasítása fokozatosan kibillentette a Mátrix egyenletét. Hibáik felhalmozódtak, és végül egyetlen „integrális anomáliában” egyesültek: az aktuális Kiválasztottban. Ő hihetetlen hatalmat kapott a kód felett, követte a prófécia nyomait, és eljutott a Forráshoz.
Ott a hősnek vissza kellett juttatnia a rendszerbe a benne rejlő kódot. A Mátrix megkapta az összegyűlt adatokat, kijavította a kritikus hibákat, és elindította a következő ciklust. Ezután a Kiválasztott 23 embert választott ki a rendszerhez kapcsolt emberek közül: tizenhat nőt és hét férfit.
Az ő feladatuk volt megalapítani az új Ziont, és továbbadni az utódoknak a megmentőről szóló legenda következő változatát.
Az Építész szinte nyers őszinteséggel pontosan ezt közölte Neóval. A gépek a Kiválasztottat a program elengedhetetlen frissítéseként nevelték ki, az Orákulum pedig az anomális kód hordozóját egyenesen az újraindítási ponthoz vezette. Ereje szintén része volt a számításnak, amely segítette őt az előkészített útvonal bejárásában.
A prófécia használati utasításként működött, amelyet az emberek önként teljesítettek, miközben azt hitték, egy szent küzdelem részesei.
Még Zion elpusztításának fenyegetése is a választás része volt. A jobb oldali ajtó mögött a Forrás állt: Neo elfogadja a jelenlegi város pusztulását, megmenti az emberiséget a teljes kihalástól, és létrehozza az új Ziont. A bal oldali ajtó mögött Trinity várt, az újraindítás megtagadása pedig a Mátrix összeomlásával fenyegetett, az összes rákapcsolt emberrel együtt.
A korábbi Kiválasztottak a Forrást választották. Mindegyikük mély kötődést érzett az egész emberiség iránt, és hajlandó volt feláldozni ismerőseit a faj fennmaradásáért. Az Építész külön kiemeli, hogy ez az érzés „tervszerűen” alakult ki bennük.
A gépek előre létrehoztak egy olyan érzelmi eszközt, amely ötször is a megfelelő ajtóhoz vezette a hőst.
Az Építész azonnal meglátta, miben különbözik Neo

A hatodik Kiválasztottnál azonban a számítás csődöt mondott. Neo szerette az emberiséget, de a legerősebb érzése egyetlen emberre összpontosult. A Trinity iránti kötődése erősebbnek bizonyult, mint az elvont milliárdok iránti kötelességtudata, és az Építész ezt már azelőtt megértette, hogy a hős az ajtókhoz lépett volna.
Még azt a kémiai láncreakciót is leírta, amely Neóban már elnyomta a logikát. Az Építész számításai szerint Trinity megmentése értelmetlen volt: a nőnek meg kellett halnia, és vele együtt hamarosan elpusztult volna az emberiség is. Neo mégis balra fordult.
Első pillantásra ezzel igazolta a gépek igazát. Az emberi választás valóban okoknak, érzelmeknek és külső befolyásnak van alárendelve.
Az Orákulum hozta össze Neót Trinityvel, ő jövendölte meg a nőnek a Kiválasztott iránti szerelmét, és lépésről lépésre segített kialakítani az egyetlen olyan köteléket, amely képes volt megtörni a régi ciklust. Az Építész tisztán látta ezt a köteléket, de csupán olyan kisiklásnak tartotta, amely egyetemes pusztuláshoz vezet.
Az Orákulum azonban pontosabban mérte fel a következményeket. Értette, hogy Smith hatodik verziója már magukra a gépekre is fenyegetést jelent, így egy újabb újraindítás csupán elodázná a katasztrófát. Neo elutasítása lehetővé tette, hogy az események túllépjenek a régi forgatókönyv keretein.
Később Neo felajánlotta a gépeknek, hogy elpusztítja Smitht a békéért cserébe, és a történelemben először a háború megállapodással zárult, nem pedig Zion újbóli kiirtásával...



